Das Instrument hat Schleifladen mit mechanischer Ton- und Registertraktur. Zu Wartungszwecken wird die Orgel 60 cm vorgezogen. Die Orgel ist in der Ruheposition und in der vorgezogenen Position komplett spielbar.
Die Altarorgel ist ein Instrument der Berliner Orgelbaufirma Karl Schuke, das ursprünglich in Altenessen stand. Für die Nikolaikirche wurde sie umgebaut, erweitert (Hauptwerks-Trompete), neu intoniert und mit einem neuen Gehäuse versehen. Die Orgelweihe erfolgte 2005 im Rahmen der Bachtage Potsdam. Seitdem ist das Instrument in zahllosen Gottesdiensten und Konzerten erklungen. Fernseh- und Rundfunkaufnahmen haben den klaren und farbenreichen Klang der Orgel verbreitet.
Hauptwerk, Manual I
Prinzipal 8′
Rohrflöte 8′
Oktave 4′
Flöte 4′
Hohlflöte 2′
Sesquialtera 2-fach
Mixtur 4-6fach
Trompete 8′
Tremulant
Normalkoppeln II/I, I/P, II/P
Schwellwerk, Manual II
Gambe 8′
Gedackt 8′
Blockflöte 4′
Prinzipal 2′
Nasard 1 1/3′
Scharff 4-fach
Dulzian 16′
Tremulant
Pedal, C-f
Subbass 16
Holzflöte 8′
Hohlflöte 4′
Hintersatz 4-fach
Posaune 16′
Trompete 4′